Оборудование лабораторное, Геномный секвенатор GS FLX+, Кокшетау

Пиросеквенатор использующий технологию
пирофосфатного секвенирования, сопряженного с синтезом цепи ДНКв микроячейках пикотитровальной пластины.
Количество высококачественных, отфильтрованных нуклеотидов, считываемых системой
за один запуск прибора не менее 700 млн нуклеотидов. Длина читаемой
последовательности каждого фрагмента одноцепочечной ДНК из библиотеки,
полученной случайной фрагментацией ДНК (shotgun) или амплификацией.не
менее 700 нуклеотидов. Точность прочтения каждого фрагмента из библиотеки - не
менее 99%. Время процесса секвенирования при одном запуске прибора - не более 25
часов. Количество считываемых одноцепочечных фрагментов ДНК из различных
библиотек за один запуск прибора не менее 1 млн. Возможность применения технологии
«библиотек парных концов» (PairedEndLibraries) и секвенирования таких библиотек. Возможные
расстояния в нативной ДНК/РНК между секвенируемыми «парными концами» 3 тыс
п.н.; 8 тыс п.н.; 20 тыс п.н. Длина читаемых последовательностей «парных концов»
во фрагментах библиотеки ДНК, полученной по технологии PairedEndLibraries 2 х 140-180 нуклеотидов Возможное количество
одновременно исследуемых библиотек ДНК (образцов) на одной пикотитровальной пластине
не менее 192.

Возможности программного обеспечения системы: А) сборка
геномов denovo до 3 млрд. Нт; Б)
картирование геномов до 3 млрд. нт после ресеквенирования ; В) анализ ампликонов;
Г) сборка транскриптомов denovo.
Требуемые задачи: DeNovo секвенирование полных геномов человека, растений животных,
микроорганизмов, BAC, YAC, фозмидов, вирусов; ресеквенирование
областей человеческого генома ассоциированных с заболеваниями , анализ соматических
мутаций (в том числе редких, до 1%) , анализ структурных вариаций человеческого
генома , анализ транскриптомов для
анализа профиля экспрессии , EST-секвенирования ,
полное секвенирование кДНКDeNovo , анализ сплайс
вариантов и фьюжн транскриптов , секвенирование
ампликонов для HLА-типирования , анализа ВИЧ-резистентности ,HBV, HCV, HPV, HSV изменчивости ;
анализа метагеномики и микробного
разнообразия, секвенирование метагенома , секвенирование ампликонов 16S рРНК , исследования ископаемой ДНК , генная
регуляция некодирующих РНК , идентификация сайтов связывания факторов
транскрипции (ChIP-секвенирование) , эпигенетика
-анализ метилирование ДНК. Объем генерируемых сырых данных после одного
запуска прибора не более 50 Гигабайт.

Компьютерный станция для обработки сырых данных, полученных после одного
запуска прибора и их последующий анализ (картирование, сравнительный анализ, выявление
SNP, выявление генетических вариаций -вставки, делеции,
хромосомные перестройки) за 6-10 часов. Численность персонала для
биоинформатики не более 1 чел.

Набор
реагентов из расчета 60 запусковполногеномного ресеквенирования генома
человека с 10 кратным перекрытием с точностью 99,99%, включающий: реагенты для
подготовки библиотеки ДНК,реагенты для
проведения эмульсионной ПЦР, реагенты для проведение секвенирования.

Характеристики оборудования лабораторного, Геномный секвенатор GS FLX+

• — Бренд: FLX